Este Archivo comienza a fraguarse en 1972 con el inventario general de Archivos Parroquiales de Vizcaya, realizado por varios seminaristas del Seminario de Derio, sede actual del Archivo Histórico Eclesiástico de Bizkaia.

Fruto de este trabajo de información acerca de los fondos documentales de la diócesis se dedujo la conveniencia de trasladar a un lugar adecuado la documentación de los archivos parroquiales anterior a 1900, centralizando el servicio y la custodia de la importante documentación parroquial.

El 29 de septiembre de 1976, un decreto de Monseñor Añoveros supuso la constitución del Archivo Histórico Eclesiástico de Bizkaia  (decreto de creación en Boletín Oficial del Obispado de Bilbao, octubre de 1976, página 537). El AHEB-BEHA comenzó su andadura el 2 de noviembre de ese mismo año, como un archivo de concentración de fondos parroquiales. Cabe destaca que la recogida no se hizo por decreto episcopal, sino por la propia voluntad de las parroquias con las que se firmó un contrato de depósito que recogía el inventario de los libros recogidos. En las sucesivas recogidas de documentación se firma una relación de entrega que, en forma de anexo, se añadía al contrato.

Desde 1997, se pone en marcha el Servicio Diocesano de Archivos, dependiente también de la Delegación Diocesana de Patrimonio Histórico Cultural, con el fin de unificar la política archivística de la diócesis e implantar un sistema de gestión integral de todos los archivos diocesanos.

Así, desde entonces, el AHEB-BEHA pasa de ser un archivo de concentración de parroquiales a integrarse y ser la pieza clave del sistema archivístico diocesano.

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